Los diversos Centros Eclesiásticos docentes del país podrán afiliarse a la UPM para obtener el grado de Bachiller en Teología.
En este caso el primer ciclo puede cursarse en el centro afiliado, siguiendo indicaciones precisas de la UPM.
Para proceder a la afiliación deberán observarse las especiales Notio, Conventio y Normae de la Sagrada Congregación para la Educación Católica, tocando a esta última aprobar y reconocer dicha afiliación[1].
Actualmente, los Centros Afiliados a la Universidad Pontificia de México, a nivel de Bachillerato Teológico Pontificio, son los siguientes:
Instituto Superior de Estudios Eclesiásticos de las Arquidiócesis de México (Universidad Católica Lumen Gentium)
Colegio Máximo de Cristo Rey de la Provincia mexicana de la Compañía de Jesús.
Escuela de Teología de la Universidad Intercontinental, Misioneros de Guadalupe
Seminario de San José, Diócesis de Texcoco.
Seminario de San José, Diócesis de Cuernavaca.
Convenios Interinstitucionales
Convenio UPM – Pontificia Universidad Católica de Panamá, Brasil.
Convenio UPM – Instituto de Comunicación y Filosofía de la Sociedad de San Pablo
Convenio UPM – Universidades presentes en la delegación Tlalpan con la misma entidad de gobierno de la Ciudad de México.
-Convenio UPM – Universidad Anáhuac México
Convenio UPM – Universidad Intercontinental. Misioneros de Guadalupe
Convenios particulares con otras instituciones.
Convenios Interinstitucionales

Asociación Mexicana de Instituciones de Educación Superior de Inspiración Cristiana. AMIESIC. Actualmente la UPM ocupa la Vocalía de Formación Humanista
Organización de Universidades Católicas de América latina y el Caribe.
ODUCAL
Unión de Instituciones Teológicas Católicas de México. UITCAM